同じ寛永6年（1629）秋、浄土宗総本山知恩院（そうほんざんちおんいん）の然譽上人（ねんよしょうにん）が遷化（せんげ）し、老中に後任を願い出たところ、将軍の意向で、霊巖に白羽の矢がたちました。かくして、霊巖寺を浅草西福寺（さいふくじ）の正譽意天（しょうよいてん）に譲った霊巖は、10月25日知恩院32世に就き、こうして浄土宗の棟梁（とうりょう）の地位に上（のぼ）り詰めたのです。76歳のことでした。
知行兼備（ちぎょうけんび）の徳名（とくめい）を聞いた人々は、血脈（けちみゃく）十念を願い洛中に市をなしたといいます。後水尾法皇や、明正天皇からの院宣（いんぜん）により参内（さんだい）して説法もしました。
寛永10年（1633）正月9日、火災により総本山の諸堂は灰燼に帰してしまいました。霊巖は直ちに江戸の将軍家に参上し、事情を説明すると、まもなく再建の台命（たいめい）が下りました。寛永13年（1636）、東洋一の洪鐘が完成。15年（1638）、諸堂が完成しました。こうして浄土宗の中興（ちゅうこう）の祖と呼ばれるようになるのです。
寛永18年（1641）お礼に江戸城に伺った霊巖は、3代将軍徳川家光から法問を望まれます。この時城内への駕籠（かご）の乗り入れ、座敷での杖の使用を、特別に許されますが、このとき将軍から拝領した鳩杖（はとづえ）と、団扇（うちわ）が知恩院に伝来するといいます。暑さと高齢のため体の弱った霊巖は、9月1日行年88歳で遷化（せんげ）しました。遺骨は、所縁の寺々にに分配され墓所が築かれて祀（まつ）られました。